Jarenlang speelde Ace Combat zich af in een alternatieve versie van de Aarde, maar met Ace Combat: Joint Assault laat Namco Bandai deze alternatieve Aarde vallen. Joint Assault speelt zich namelijk af in onze realiteit waarbij de speller onder andere Londen, Egypte, San Francisco en Tokio zal kunnen bewonderen vanuit de lucht. Door een grootschalige economische crisis breken er wereldwijd oorlogen uit. Jij speelt een piloot die werkt voor Martinez Security, een Private Military Company of PMC, die de opdracht heeft gekregen om deze wereldsteden te beschermen. Over het exacte plot doet Namco Bandai redelijk geheimzinnig, maar het zal een grote rol spelen.